Natura 2000 je jakousi soustavou chráněných území, jejichž cílem je zajistit ochranu těm rostlinám, živočichům a typům přírodních stanovišť, které jsou z evropského pohledu nejvíce ohrožené, nejcennější a rostliny, živočichové či přírodní stanoviště jsou typické třeba jen pro určitou oblast (endemické). Systém chráněných území NATURA 2000 vytvářejí na územích svých států všechny státy Evropské unie podle stejných principů platných pro všechny tyto země. Také na Horňácku se nacházejí dvě oblasti, které náleží do systému NATURA 2000. Je to oblast Bílé Karpaty (CZ0724090) a Čertoryje (CZ0624072).
BÍLÉ KARPATY - rozloha 14 915 ha, 291-911 m n. m.
Jedná se o největší Evropsky významnou lokalitu (EVL) v rámci CHKO Bílé Karpaty. Zaujímá její střední část od Velké nad Veličkou po Strání a svými výběžky dosahuje až k Žítkové. Díky velké rozloze je důležitá především pro ochranu biotopů: přirozených listnatých lesů, květnatých luk a mokřadů. Terénní dominantou Bílých Karpat je bělokarpatský hřeben s nejvyšším vrcholem Velká Javořina (970 m n. m.), na jih od něj se pak nachází Hradisko (636 m n. m.) a Výzkum (631 m n. m.), které jsou oddělené hlubokým Filipovským údolím. Typické pro oblast jsou květnaté louky s rozptýlenými solitérními stromy, s mozaikou pastvin, pěnovcových pramenišť, křovin a malých lesíků s vysokou diverzitou teplomilných i podhorských rostlinných společenstev. Lesní vegetace je mimořádná svým rozsahem, zachovalostí a také mimořádnou druhovou bohatostí.
Na bělokarpatských loukách roste velký počet chráněných a ohrožených druhů rostlin, jako např. prstnatec sedmihradský a zvonek hadincovitý, vstavač nachový a kýchavice černá. Na SPR Porážky se nachází jediná lokalita všivce statného. Z naturových druhů rostlin se vyskytují střevíčník pantoflíček, hlízovec Loeselův a srpice karbincolistá.
Květnaté louky Bílých Karpat jsou i místem výskytu velmi bohaté fauny a představují důležité útočiště vzácných a ohrožených druhů bezobratlých (hmyz, pavoukovití). Na lučních porostech se vyskytuje vzácný sekáč, početné populace perleťovce dvouřadého, dále pestrokřídlec podražcový a martináč hrušňový. Z naturových druhů živočichů se vyskytují bourovec trnkový, modrásek bahenní, modrásek očkovaný, ohniváček černočárý, přástevník kostivalový, střevlík hrbolatý, vrkoč bažinný, vrkoč útlý a žluťásek barvoměnný.
ČERTORYJE – rozloha 4 728 ha, 200–559 m n. m.
Rozkládá se v jižní části CHKO v prostoru od Radějova po Malou Vrbku. Jedná se o rozsáhlý komplex lesů a luk s remízky a solitérními dřevinami v členitém terénu. Území je typické četnými sesuvy půdy. Právě sesuvy se odrážejí i v původu místního názvu území „čert to ryje“, kterým si lidé vysvětlovali vznik tohoto geologického jevu.
V oblasti převažují vápnité jílovce a pestré rudohnědé a zelenošedé jílovce. V lesích převládají dubohabřiny, ve vyšších polohách květnaté bučiny. Na zdejších květnatých loukách se vyskytuje řada vzácných, chráněných a ohrožených rostlin, bohaté zastoupení zde mají především rostliny vstavačovité. Čertoryje jsou nejbohatší lokalitou rudohlávku jehlancovitého, k hojným druhům orchidejí dále patří např. pětiprstka žežulník pravá, vstavač mužský znamenaný, vstavač vojenský, vstavač bledý, bradáček vejčitý a vemeník dvoulistý. Významné, ale početně malé populace představují např. tořič včelonosný, střevíčník pantoflíček či vstavač kukačka. Bohaté populace vytváří srpice karbincolistá a mečík bahenní. Z živočichů se zde vyskytuje např. přástevník kostivalový, tesařík obrovský, roháč obecný, žluťásek barvoměnný, bourovec trnkový a ohniváček černočárý.
